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Windows NT、Windows 2000、XP、Vistaおよび7オペレーティングシステムは、「New Technology File System」ハードディスクシステムを実行できます。最新のオペレーティングシステムを実行しているシステムでNTFSを使用することをお勧めします。これには、古いファイルシステムである "ファイルアロケーションテーブル"（FAT）に比べていくつかの利点があり、その中でも大きなファイルを保存してデータを回復する機能があります。ただし、NTFSにはいくつかの潜在的な欠点があります。
スペースのオーバーヘッドが大きい
NTFSファイルシステムが機能するには、かなりの量の「スペースオーバーヘッド」が必要です。 「スペースオーバーヘッド」は、ファイルシステム自体に専用のドライブにデータを保存するためのスペースであるため、データの保存には使用できません。つまり、NTFSファイルシステムでディスクをフォーマットすると、一部の記憶域が失われます。 Microsoftによると、「NTFSファイルシステムのオーバーヘッドは通常、100 MBのパーティションで少なくとも4 MBのディスク領域を使用します」。これは、システム要件が原因で、ディスク領域の4％以上が失われていることを意味します。その結果、400MB未満のドライブではNTFSを使用しないことをお勧めします。USBフラッシュドライブや古いハードドライブなどの小さなストレージデバイスにNTFSをロードしようとすると、パフォーマンスが低下したり、ストレージスペースが不足したりする可能性があります。
フロッピーフォーマットなし
一般的なスペース要件のため、フロッピーディスクはNTFSファイルシステムでフォーマットできません。フロッピードライブは、Windows XPまたは以前のバージョンのWindowsを実行している古いPCで一般的であり、古いコンピューターにファイルを転送する最も簡単な方法です。
ファイルの命名に関する制限
NTFSファイルシステムでは、ファイルの命名にいくつかの制限があります。マイクロソフトによれば、「ファイル名とディレクトリ名は最大255文字です。」ファイル名には大文字を含めることができますが、システムは大文字と小文字を区別しません。たとえば、システムはINTRO.docとintro.docを同じファイルとして認識します。 Microsoftによると、NTFSではファイル名に次の文字を使用できません。
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オペレーティングシステムの非互換性
NTFSファイルシステムは、Windows 2000以降のバージョンのWindowsと互換性があるように設計されています。 Windows 95、98、ME、DOSはNTFSと互換性がありません。したがって、これらのオペレーティングシステムのいずれかを搭載した古いコンピューターでは、ハードドライブのFATファイルシステムを使用する必要があります。