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人間や他の動物の消化管には、消化を助ける多くの種類のバクテリアが含まれていますが、これらの有機体の中には人間に感染症を引き起こすものもあります。人が細菌に感染しているかどうかを判断するために、医師はサンプルを糞便から採取し、その後に細菌の増殖を可能にする条件にさらすことを依頼します。細菌が培養中に出現した場合、分析装置は顕微鏡を通してサンプルを観察し、その種類を識別するために化学的試験を行います。ヒトにおける最も一般的な腸内細菌感染症は、サルモネラ菌、赤痢菌、カンピロバクターおよび特定の大腸菌株（Ｅ．ｃｏｌｉ）である。
サルモネラ菌
サルモネラ菌（鳥、爬虫類、一部の哺乳類の腸でよく見られる細菌）は、サルモネラ症と呼ばれるヒトで下痢感染を引き起こします。それは通常、調理されていない肉や他の汚染された食品を取り扱ったり食べたりしている人々、および感染した動物からの廃棄物を取り扱っている人々に伝えられています。サルモネラ感染症は下痢、腹部痙攣、発熱などの症状を引き起こします。サルモネラ症は、子供、高齢者、免疫系の機能が低下した人々に深刻な病気を引き起こす可能性があります。ほとんどの人は治療なしで回復します。誰かがサルモネラを持っているならば、あなたはあなたの体を水分補給するために水分を飲むべきです。
大腸菌（O157株）
大腸菌は、細菌の多様なグループで、一般的に無害です。実際には、それは通常人間の腸に存在します。しかしながら、これらの細菌のいくつかの株は、腸、腎臓および血液に損傷を与える可能性がある毒物または毒素を産生する。大腸菌O157は志賀と呼ばれる毒素を産生し、下痢性疾患を引き起こします。大腸菌感染症の症状には、胃のむかつき、血性下痢、嘔吐、脱水症が含まれます。いくつかの感染症は軽度ですが、他の感染症は重症または生命を脅かす可能性があります。最良の治療法は、病気が進行している間も水分補給を続けることです。
赤痢菌
赤痢菌は赤痢菌と呼ばれる消化管で感染症を引き起こしますが、これは通常汚染された食べ物や飲み物の摂取によって人間に感染します。それは大腸の粘膜を攻撃する毒素を産生し、腸壁の腫れ、潰瘍、そして血性下痢を引き起こします。症状としては、腹部のけいれん、重度の下痢、嘔吐、痛みを伴う排便、高熱、食欲不振などがあります。赤痢は、幼児に最も頻繁に発生します。医師はこの病気を治療するためにアンピシリンのような抗生物質を処方します。水分補給も治療の重要な部分です。
カンピロバクター
米国農務省によると、下痢を引き起こすカンピロバクターバクテリアは、食品媒介疾患の2番目に多い原因です。それらは多くの家畜や野生動物の腸内で発見され、彼らの糞便を通して伝染する可能性があります。汚染されている肉（特に鶏肉）、水、または低温殺菌されていない牛乳を食べると、人々はカンピロバクター感染症にかかります。症状には下痢、腹部のけいれん、発熱などがあります。治療は脱水と戦うための体液の摂取からなる。この通常の感染は自然に消えますが、重篤な場合は抗生物質による治療が必要になることがあります。人々は肉をよく調理し、精製水と低温殺菌牛乳を飲むことでカンピロバクター感染を防ぐことができます。