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光学顕微鏡の長所と短所は、光、倍率および解像度を意味します。光の顕微鏡は可視光を拡大します - これは私たちの目に見えるものなので明らかな利点です。しかしながら、光学顕微鏡を使用する場合、倍率（物体がどのくらい大きく見えるか）および解像度（詳細の明瞭さ）は制限される。
光源
光学顕微鏡は、試料を通してレンズ系に直接照射するために反射鏡または電灯を使用する。ミラーシステムはそれほど高価ではありませんが、環境を適切に照らす必要があります。電灯システムはより高価であり、近くにコンセントを必要とするが使用がより簡単である。
光の強さ
光は見ているサンプルを透過するので、光の強度（明るさ）は重要です。細くて半透明の（光）サンプルは低強度の光で最もよく見られますが、より厚い、不透明なサンプルはより高い強度の光を必要とします。光学顕微鏡の不利な点は、いくつかのサンプルがそのような顕微鏡で見るには厚すぎるかまたは不透明であることである。非常に薄い、または半透明のサンプルは、見やすくするためにコントラストを上げるために着色することができます。しかし、このプロセスは生きている標本を殺します。
光量を調整する
光源の上でプラテン（試料台）の下にある絞りは、標本を通過する光量を調整します。絞りは2種類あります。固定絞りセレクタと可変絞りカメラスタイルです。
固定アパーチャアセンブリは、回転プレート上のいくつかの異なるアパーチャサイズからなる。ダイヤルを回して希望の絞りを選択します。固定開口絞りはより安価ですが、光強度を正確に制御できません。
調節可能な開口絞りは、連続的に可変の開口サイズとカメラレンズ上の絞りを提供し、それ故、光の強度に対するより正確な制御を提供する。これらのシステムはもっと高価です。
倍率
大きいほど良いとは限りません。光学顕微鏡は、最大で1000倍（実物の1000倍）まで物体を拡大することができます。それに加えて、画像はますます歪んでぼやけてきます。サイズを大きくしてもイメージは改善されず、実際にはイメージが使用できなくなります。
1000倍までの倍率を使用すると、最小の細菌細胞まで、あらゆる種類の生物を見ることができます。これにより、光学顕微鏡は、細胞の種類、池の水、土壌サンプル、および微生物の概観が必要なその他の研究を研究するための強力なツールとなります。しかしながら、光学顕微鏡法は、光の使用に固有の分解能限界のために、細胞内構造の研究にはほとんど有用ではない。
決議
解像度は、画像内に生成された詳細の明瞭さの尺度です。低解像度の画像はぼやけて見えます。高解像度の画像は鮮明で、鮮明かつ詳細です。光学顕微鏡の最大の欠点は解像度の限界です。倍率1000倍に加えて、光学顕微鏡では細部を微調整する機能がすぐに失われます。これは、機器の品質ではなく、光の物理的特性によるものです。細胞内構造の細部のより良い解像度のために、電子顕微鏡のような他の技術が使用されるべきです。