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真菌は、植物と動物の別の王国に分類される微生物のグループです。それらは多くの環境で豊富に見られ、独立した、依存した（寄生的な）または相互に有益な存在をしています。真菌は、死んだ物質を分解し、重要な栄養素を土壌や大気中に放出することによって、生態系の適切な機能を維持するために不可欠です。
腐生性真菌
腐生性真菌（または分解剤）は、土壌中に存在する真菌の最大のグループです。それらは、死んだあるいは分解している物質を有機酸、二酸化炭素、そして真菌バイオマス（あるいは彼ら自身の体）に変換します。彼らはその栄養素の消費と土壌へのその固定化を通して、木のような硬い有機物を分解します。腐生性真菌は、セルロース、リグニン（多くの生物によって使用されている必須の炭素を分解します）およびタンパク質を分解することができます。彼らは通常、死んだ動物、昆虫、葉や倒木の周りにあります。腐生性真菌の例には、Pleurotus ostreatus（オイスターマッシュルーム）、Lentinula edodes（シイタケ）およびStropharia rugosoannulata（Stropharia rei）が含まれる。
相互菌
相互主義者は植物と相互に有益な関係（関係する両方の種が利益を受ける関係）を形成する真菌のグループです。通常、それらは植物の根の上で成長し、それらが土壌から栄養分（リンなど）を得るのを助けます。菌根菌は植物の根の中で成長する共生主義者のグループです。ラン、エリコイド、外生菌根およびアーバスキュラーを含む菌根菌の4つの主要なグループがあります。全植物のほぼ90％が菌根菌と相互に有益な関係を形成しています。相互真菌の例には、接合菌および担子菌ファミリーのものが含まれる。
病原菌
病原性真菌は、それらの宿主植物に侵入し、そして生物を分解する。彼らは彼らの宿主から重要な栄養素を奪い、植物を弱体化させ、最終的には死に至らしめる。病原性真菌は、それらの外側の皮膚（表皮）を通して植物に侵入するか、またはそれらの気孔の内側に成長する（呼吸孔）。彼らは植物に感染し、それを死に至らしめるか、生きている植物から重要な栄養素を盗む間それを生きさせます。土壌中に存在する真菌によって引き起こされる植物病害には、腐敗、黒点、潰瘍、さび、根粒菌病、根腐れ病およびジャガイモいぼが含まれる。病原性真菌は一般的に作物の初めの土壌に見られます。病原性真菌の例には、Pythium、Rhizoctonia、PhytophthoraおよびVerticilliumが含まれる。