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色素は、細胞および組織の構成要素の識別と分化に役立ちます。これらのコンポーネントは透明になる傾向があり、染料は視聴者に人間の目に見えないものを見る手段を提供します。染料は、微生物学、組織学および細胞学の研究で最も頻繁に使用されます。以下は、最もよく使用される染料の一部です。
ビスマルクブラウン
ビスマルクブラウンは、過去よりも今日はあまり使用されていません。この染料は、酸性化されて黄色くなるムチン（粘液と唾液に存在するタンパク質の一種）をマークします。
カーマイン
カーマインは、グリコーゲン（動物性デンプン）、グリコサミナグリカン（粘液および関節液に見られる糖鎖）、および細胞核を染色するために使用される染料です。パーツを赤く染め、昆虫の球菌サボテンから作られています。それはコナカイガラムシとしてよく知られています。この昆虫はメキシコとアメリカ合衆国南西部に由来し、サボテンを食べます。染料は昆虫の体液から作られます。
バイオレットクリスタル
紫色の結晶は、媒染剤と組み合わせると細胞壁を紫色に染色します。媒染剤は、染料と反応して不溶性の着色された固体を形成する物質の混合物です。バクテリアの分類に使用でき、グラム染色技術で使用される染料です。その中で、細胞は最初に準備プロセスによって保存され、次にバイオレットクリスタルで染色されます。染料は、すべての細菌によって同量で吸収されます。それを適用した後、媒染剤を適用し、スライドを95％アルコール溶液で洗浄し、次に別の色の別の明るい染料（通常はサフラニン）で染色します。この技術は、実験室での細菌の研究で使用される主な方法です。
エオシン
エオシンはアルコールベースの合成染料です。血液細胞、細胞質材料（細胞膜と核の間にある材料）、細胞膜、およびピンク色または赤血球の外側の構造を染色します。ヘマトキシリン・エオシン染色法の染料の一つとして使用されています。この手法は、組織と細胞の研究でその形状と構造を観察するために最も使用されています。
ヘマトキシリン
ヘマトキシリンは、H＆E技術でエオシンを伴う染料です。細胞核を青紫色または茶色に染色します。カンペチェ（Haematoxylum campechianum）という木を使って作られた天然染料です。
サフラニーナ
サフラニンはグラム染色技術の染料の1つとして使用され、細胞核を赤く染色します。軟骨の染色にも使用されます。サフラニンで染めると黄色くなります。